税務調査を実施しているのは、「基本的に」管轄する税務署になります。
管轄する税務署は、会社の本店所在地（登記場所）で決まっており、国税の申告書を提出する税務署と同じになります。
また、税務調査の管轄は、税務調査時の本店所在地と定められていますので、申告書を提出した後に会社を移転し、
その後税務調査ということになれば、移転後の新しく管轄になった税務署が税務調査を行うことになります。
極端な例ではありますが、税務調査の最中に会社を移転した場合は、
途中から移転後の税務署が税務調査を行うことになるわけです。
一方、会社の規模によって、税務調査を行う管轄が変わることもあります。
税務署ごとの基準によって変わりますが、売上金額が大きいなど、ある一定の基準を超えると、
税務署の中でも「特官（とっかん）部門」が税務調査の担当になります。
特官部門は、大規模法人ばかりを調査しており、複数人での税務調査となるのが通例です。
ただし、特官部門が担当になったからといって、いきなり税務調査が厳しくなるということはありません。
もう１つの基準として、税務署ではなく「国税局」が税務調査の担当になることもあります。
これは、原則として資本金が１億円以上の場合です。
資本金が１億円未満の会社が、増資により１億円以上になった場合は、
税務調査の担当が税務署ではなく、管轄する国税局になるわけです。
これはあくまでも原則であって、資本金が大きいにもかかわらず、会社の規模がそれほど大きくない場合は、
国税局に管轄が移らず、そのまま税務署の管轄になる場合もあります。
これは、税務署ごとの判断によって変わるというのが実情です。
資本金が１億円以上になったにもかかわらず、税務署の管轄になる場合は、
「税務署所管法人の指定通知書」という文書による通知が届くことになっています。
国税局の管轄に移った場合、税務調査ではいくつかのデメリットが考えられます。
・税務署の調査より長引くことが通例
・税務署より更正（処分）を安易に行ってくる
増資する場合は、このように税務調査の管轄にも影響を及ぼす可能性があるので、
ここまで配慮して増資金額を決定したいものです。
