・税務署から税務調査の連絡
税務調査を行う場合、
まずは税務署から顧問税理士もしくは会社に税務調査を行いたい旨の連絡があります（無予告調査の場合は除く）。
その際、税務調査を行う日程についても調整可能ですが、一般的には10日後ぐらいを目安に調査の日程が設定されます。
税務調査自体は2日間で終了するケースが多いですが、
調査事項が少ない場合などは1日で終了することもありますし、逆に調査事項が多かったり、
問題が見つかったりすると、2日以上かかることもあります。
大まかな流れとしては、最初に調査官への概況を説明して、その後帳簿などを質問などを交えてチェックしていき、
最終的に修正すべき点の指摘やそれに対する反論などを行うという流れになります。
また、顧問税理士がいる場合には、会計処理などについては税理士が回答することになりますので、
事業の概況など経営者しか説明できないものさえ説明してしまえば、経営者が必ずしも最後まで同席している必要はありません。
ただし、事前の税理士との打ち合わせなどが全くできていないと、
会計処理の詳細に税理士が回答できないことも考えられますので、
当日は税理士に任せたい途中で席を外したいという場合でも事前にしっかり打ち合わせしておくことが望ましいですが、
実際には、税理士に回答できなかった場合、後日経営者が回答するというケースもあります。
・税務調査当日
まずは調査官からの会社の概況に関するヒアリングがありますので、それを経営者が一通り回答することになります。
そのあと、実際に帳簿などを見ながら調査官が会計処理のチェックを行います。
調査官がチェックの最中に会計処理について質問したりしますので、回答は税理士に任せることもできますが、
世間話などを交えて経営者が答えるようにうまく誘導してくる調査官もいますので、
できるだけ処理の部分は税理士に話してもらうように回答しましょう。
調査事項がすくなければ1日で終了することもありますが、ほとんどの場合、2日以上かけて調査が行われます。
そして、帳簿などを一通りチェックと質問への回答が終われば調査終了になります。
・追徴税額の確定・追徴税の支払い
調査の結果は3つあり、
①申請是認（追徴税なしで終了の場合）
②修正申告（指摘された誤りを会社が認める場合⇒修正申告）
③更正処分（指摘された誤りを会社が認めない場合
⇒ 後日、更正通知書が税務署から送付⇒異議申し立て⇒（審査請求））といった流れになります。
